行政機關為了實現行政管理或者公共服務目標，與公民、法人或者其他組織協商訂立的具有行政法上權利義務內容的協議，就可以被稱為行政協議。具體包括
 

行政協議與民事合同最大的區別就在于行政協議的目的是為了實現公共利益與行政管理目標。
 

行政協議要求簽訂的一方主體必須是行政機關。與普通民事協議不同的是行政協議不可能發生在自然人、法人或其他組織之間。

行政協議的約定內容是行政法意義上的權利和義務。

根據《最高人民法院關于審理行政協議案件若干問題的規定》第十六條第一款“在履行行政協議過程中，可能出現嚴重損害國家利益、社會公共利益的情形，被告作出變更、解除協議的行政行為后，原告請求撤銷該行為，人民法院經審理認為該行為合法的，判決駁回原告訴訟請求；給原告造成損失的，判決被告予以補償”的規定，允許行政機關在履行過程中，如可能出現嚴重損害國家利益、社會公共利益情形的，可作出變更、解除協議的行政行為，不承擔賠償責任，只需要對行政相對人因此而遭受的合法權利損失予以補償。

行政協議的糾紛屬于行政糾紛，應當通過行政途徑去解決，不能以仲裁的方式逃避行政途徑，導致行政法律規定與民事法律規定的混同。因此，一般情況下，如果行政協議中約定了仲裁條款，應當確認該條款無效。

一般情況下，公司的日常運營成本不應被認定為違約所造成的損失，但若守約方系為特定地塊的房產開發而特別設立的公司，且設立后未從事其他業務，該公司的運營成本可被認定為違約方拒絕交付土地導致合同解除所造成的直接損失。

按現行法律規定，行政機關不能作為行政訴訟的原告通過行政訴訟來主張權利。但是行政機關可以采取不依約履行義務的抗辯方式來行使權利。尤其是在行政協議相對人已經出現可能無法履約的隱患，且行政協議履行可能會損害社會公共利益的情況下，行政機關不按約定履行義務的行為合法。

從糾紛類型可以分為“行政歸行政，民事歸民事”，由于行政協議本身既具有行政屬性，又具有民事屬性，因此其舉證也應當區分對待。如行政機關依據行政協議作出的行政行為的合法性，應當由行政機關承擔舉證責任。如因行政機關與相對人之間的履約糾紛則應當采取“誰主張，誰舉證”，具體說明如下：

行政協議的審查與其他具體行政行為的審查相似，重點審查以下幾個方面：

如果行政協議相對人不履行行政協議的約定內容，行政機關可以作出要求相對人履行協議的書面決定，如果相對人仍然不申請行政復議或行政訴訟，也不履行行政協議的情況下，只要行政協議具有可執行性的，行政機關可以將該行政決定作為執行名義向人民法院申請非訴強制執行。

如果法律、行政法規規定應當經過其他機關批準等程序后生效的行政協議，在一審法庭辯論終結前未獲得批準的，應當確認該協議未生效。此時雖然行政協議尚未生效，但是行政機關對原告行政協議約定負有履行批準程序等義務而被告未履行，行政機關應當承擔賠償責任。