針對結算協議的效力問題，筆者查閱了人民法院的類似判例，在不同時期，結合發、承包雙方當事人的訴求，法院在裁判時也有些許的差別。相關裁判案例列舉如下：

一、毛世武、安徽富煌公司建設工程施工合同糾紛案（【2017】最高法民申4328號）

毛世武作為無建筑施工資質的個人承包涉案工程，其與侯道云簽署了兩份《樁基施工協議書》。2012年12月22日，駱麗君作為富煌公司承建涉案工程的負責人與毛世武簽訂《結算協議》，該協議約定：“認可毛世武為蕪湖恒興農業科技大廈所做樁基工程總款為450萬元，余款在2013年2月1日前支付150萬元，尾款在4月5日前一次性付清；如若到期不能按期支付，則每日按余款的0.6%計取違約金。”

本案審理中，毛世武主張富煌公司支付2012年12月22日《結算協議》中剩余工程款，按照《結算協議》約定的“每日按余款的0.6%計取利息”計算違約金。

安徽省高級人民法院（二審法院）認為因毛世武無施工資質，故該《結算協議》應屬無效合同，合同有關違約條款亦應無效，故毛世武主張按照《結算協議》約定的“每日按余款的0.6%計取利息”計算違約金于法無據，判令按照中國人民銀行發布的同期同類貸款利率計算利息。

最高人民法院（再審法院）審查后認為毛世武主張按照《結算協議》約定的“每日按余款的0.6%計取利息”計算違約金于法無據，二審不予支持，并無不當，裁定駁回毛世武的再審申請。

二、新興建設公司、嘉年華公司建設工程施工合同糾紛案（【2018】最高法民終556號）

2009年10月16日，新興公司承包嘉年華公司發包的青島海上嘉年華項目工程。因雙方違反招投標的強制性規定，中標無效，中標后簽訂的《備案合同》認定無效。2014年4月22日，嘉年華公司與新興公司簽訂《結算協議》，依此進行結算，此后發生糾紛。

最高人民法院經審理認為，嘉年華公司與新興公司簽訂的《結算協議》《支付協議》是在新興公司退場之后，雙方針對新興公司已完工工程價款的數額及給付期限所作約定，系對既存債權債務關系的結算和清理，并不違反法律、行政法規的強制性規定。因此，一審法院認定《結算協議》《支付協議》合法有效，應作為工程款結算依據，并無不當。

針對施工合同無效結算協議是否有效的問題，筆者整理了人民法院在裁判類似案件中主要裁判觀點，具體如下：

1.如果在合同無效的情形下，要求非法分包或者轉包方對其違約行為承擔合同約定的違約責任，則實際施工人有可能從無效合同中獲得與合同有效情形下同等的利益，不利于規范建設工程施工市場，與司法解釋規定的原意亦不相符。

2.根據建設工程施工合同的特點，在合同無效的情形下，為了保護承包人或者實際施工人的基本利益，對無效的建設工程施工合同中的工程價款約定做有效處理。

3.在建設工程施工合同無效的情形下，當事人簽訂的結算協議一般亦應認定為無效，但如結算協議獨立于建設工程施工合同存在，并已明確訂立結算協議的目的，且該結算協議系對既存債權債務關系的結算與清理，僅限于工程價款的范圍，則可認定為有效。

4.司法解釋規定的參照合同約定支付工程價款的理解，應限定在對承包方或者實際施工人因建設施工所發生工程價款的范圍，不宜再做擴大解釋。因此，對于承包方或者實際施工人按照建設工程施工合同或者結算協議約定主張違約金的，不應支持。